En el bosque de Jaibazul confluyen el bosque seco tropical característico del Caribe colombiano con el bosque húmedo característico del chocó biogeográfico, por lo cual presenta un mosaico de especies de ambos ecosistemas.
La lista de de especies botánicas hasta ahora identificadas es:
Caesalpinia ébano
- Caracolí (Anacardium excelsum (Bertero exKunth) Skeels)
- Matamba (Desmoncus orthacanthos Mart)
- Roble (Tabebuia rosea (Bertol.) Bertero ex A. DC.)
- Bejuco Blanco (Anemopaegma chrysoleucum (Kunth) Sandwith )
- Mangle Rojo (Rhizophora mangle L. )
- Guacharaco (Trema micrantha (L.) Blume )
- Mangle Blanco (Laguncularia racemosa (L.) C.F.Gaertn. )
- Varita de lazo (Acalypha villosa Jacq. )
- Ñipi (Sapium glandulosum (L.) Morong )
- Bejuco frente de toro (Machaerium microphyllum (E.Mey.) Standl.)
- Churimo (Inga sp. )
- Arroz de coco (Platymiscium sp.)
- Canta gallo (Erythrina sp.)
- Aceituno (Vitex cymosa Bertero ex Spreng)
- Ceiba Tolua (Pseudobombax septenatum (Jacq.) Dugand )
- Ceiba Roja (Pachira quinata (Jacq.) W.S. Alverson) – Endangered (IUCN 3.1)
- Ceiba Bonga (Ceiba pentandra (L.) Gaertn)
- Guacimo (Guazuma ulmifolia Lam.)
- Cope blanco (Ficus sp.)
- Niguito (Muntingia calabura L.)
- Pimienta (Piper sp.)
- Jazmin de rosa ( Randia formosa (Jacq.) K.Schum.)
- Borojó Montuno (Borojoa sp.)
- Tachuelo (Zanthoxylum setulosum P. Wilson)
- Guarumo (Cecropia peltata L.)
- Teca (Tectona grandis)
- Cedro (cedrela odorata)– Vulnerable (IUCN 3.1)
- Melina (Gmelina arborea)
- Matarratón (Gliricidia sepium)
- Andiroba (Carapa guianensis)
- Caoba (Swietenia macrophylla)
- Abarco (Cariniana pyriformis) – Near Threatened (IUCN 3.1)
- Balso (Ochroma pyramidale)
- Palma de coco (Cocos nucifera)
- Palma de vino (Attalea butyracea)
- Palma de azaí (Euterpe oleracea)
- Mango (Mangifera indica)
- Limonero (Citrus × limon)
- Copoazú (Theobroma grandiflorum)
- árbol del pan (Artocarpus altilis)
- Guanabana (Annona muricata)
- Mamoncillo (Melicoccus bijugatus)
- Ébano amarillo (Caesalpinia ebano) endémico